En 927, Leotbald de Brancion fit don du village de Blanot à l’Abbaye de Cluny. Les bâtiments du “prieuré” datent du XIIe au XVIe siècle et furent le siège des gestionnaires laïques du domaine Clunisien (probablement “le Prévôt”) parmi lesquels “Duran de Blanot,” père de Jean de Blanot, important légiste au XIIIe siècle.

Les bâtiments furent fortifiés du XIIIe au XVIe siècle pendant 300 années de guerres : la Guerre de Cent Ans (1337–1439), les guerres franco-bourguignonnes (1471–1475) et les Guerres de Religion (1562–1594).

On peut encore voir des fragments de peintures gothiques du XIIIe et XIVe siècle dans une pièce du prieuré, des graffiti dans le grenier qui dépeignent le terrible hiver de 1572, et des poutres brulées dans les deux grands salons attestant l’incendie criminel de 1594 par un groupe de Calvinistes.